Η σημερινή διοικητική διαίρεση της Κρήτης βασίζεται σε αυτήν της Ενετοκρατίας. Τα διοικητικά κέντρα τού νησιού ήταν τότε οι τέσσερεις οχυρωμένες πόλεις Χανιά, Ρέθυμνο, Χάνδακας (Ηράκλειο) και Σητεία. Μετά την τουρκική κατάκτηση, το 1669, οι διοικήσεις περιορίστηκαν σε τρεις (καταργήθηκε της Σητείας), με διοικητικό κέντρο το Χάνδακα. Κατά την περίοδο της Αιγυπτιακής κυριαρχίας (1830-1840), η Κρήτη οργανώθηκε κάτω από την εξουσία ενός πολιτικού διοικητή, του Μουσταφά Γκιριτλή (Κρητικού) και τοπικών διοικητικών συμβουλίων στα Χανιά και στο Ηράκλειο. Ο διοικητής αυτός διέμενε εκ περιτροπής και στις δυο πόλεις, που τις θεωρούσε ως έδρα του. Το 1851 ολόκληρη η Κρήτη αποτελούσε μια «Γενική Διοίκηση» και  ως έδρα  χρησιμοποιούνταν, οριστικά πια, μόνο η πόλη των Χανίων.

Με τον Οργανικό Νόμο  του 1868 το νησί χωρίστηκε διοικητικά πάλι, σε πέντε αυτή τη φορά διοικήσεις? στις προηγούμενες τρεις προστέθηκαν αυτές  του Λασιθίου και των Σφακίων, ( η τελευταία περιελάμβανε τις επαρχίες Αποκορώνου, Σφακίων και Αγίου Βασιλείου).

Κατά την περίοδο της Αυτονομίας, (1898-1913), η Κρήτη διαιρέθηκε από τις Μ. Δυνάμεις σε τέσσερα διαμερίσματα και κάθε μία δύναμη πήρε υπό την προστασία της  ένα. Τα Χανιά, πρωτεύουσα της «Κρητικής Πολιτείας», τέθηκε υπό την προστασία και των τεσσάρων.

Μετά την ένωσή της με την Ελλάδα (1 Δεκεμβρίου 1913) με νόμο του 1914 «περί Διοικητικής Διαιρέσεως και Διοικήσεως των νέων χωρών», καταργήθηκε η διοίκηση των Σφακίων και οι επαρχίες Σφακίων και Αγίου Βασιλείου υπάχθηκαν στο νόμο Ρεθύμνης, η δε του Αποκορώνου στο νομό Χανίων. Τη διοίκηση τής Κρήτης ανέλαβε ο Γενικός Διοικητής Κρήτης με τίτλο του υπουργού, που διοριζόταν από την ελληνική κυβέρνηση και είχε έδρα του τα Χανιά. Κάποιες περιόδους ο Γενικός Διοικητής ασκούσε παράλληλα και τα καθήκοντα τού Νομάρχη Χανίων.

Ο νομός συγκροτήθηκε ως διοικητική μονάδα με το Βασιλικό Διάταγμα «Περί Διοικητικής Διαιρέσεως των νέων χωρών» της 1ης Απριλίου του 1915 και το 1925 απέκτησε τα σημερινά όριά του μετά την προσάρτηση σ’ αυτόν της επαρχίας Σφακίων, που αποσπάστηκε της από το γειτονικό νομό Ρεθύμνης.

Το 1955 καταργήθηκε ο θεσμός της Γενικής Διοίκησης και τα Χανιά έπαυσαν ουσιαστικά να θεωρούνται πρωτεύουσα της Κρήτης.

Ο Θεσμός της Τοπικής Αυτοδιοίκησης

Μέχρι το 1994 η κάθε νομαρχία ήταν δημόσια υπηρεσία. Σε αντίθεση με τους Δήμους και τις Κοινότητες του νομού, η νομαρχία δεν απέκτησε ξεχωριστή από το κράτος νομική προσωπικότητα, παρά τις προσπάθειες που έγιναν κατά καιρούς, σύμφωνα με τα ισχύοντα στη Γαλλία (απ’ όπου προήλθε ο θεσμός του νομού). Η ανάγκη της διοικητικής αποκέντρωσης οδήγησε την ελληνική Βουλή να ψηφίσει το 1994 το νόμο 2218 «Ίδρυση Νομαρχιακής Αυτοδιοίκησης – Τροποποίηση διατάξεων για την πρωτοβάθμια αυτοδιοίκηση και την Περιφέρεια και άλλες διατάξεις». Έτσι ο νομάρχης και τα νομαρχιακά όργανα εκλέγονται απευθείας από το εκλογικό σώμα  με τις εκλογές που γίνονται κάθε τέσσερα χρόνια.
Με το νόμο 2503 του 1997 «Διοίκηση, οργάνωση, στελέχωση της Περιφέρειας, ρύθμιση θεμάτων για την τοπική Αυτοδιοίκηση και άλλες διατάξεις» δημιουργήθηκε ο θεσμός των Περιφερειών. Η Κρήτη είναι  η 13η Περιφέρεια της χώρας με έδρα το Ηράκλειο.
Η Νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση ασχολείται με τη διοίκηση των τοπικών υπηρεσιών και με τη διοίκηση και διεκπεραίωση των κρατικών υποθέσεων και έργων.